Οι έλεγχοι διακρίνονται σε ετήσιες επισκέψεις ελέγχου και συμπληρωματικές. Οι ετήσιες επισκέψεις και οι συμπληρωματικές προϋποθέτουν την ενημέρωση του επιθεωρούμενου εγγράφως 15 ημέρες νωρίτερα από την ημερομηνία. Όταν ο ετήσιος ή ο συμπληρωματικός έλεγχος είναι αιφνιδιαστικός, τότε η επιχείρηση δεν ενημερώνεται  για τον έλεγχο. 

Ο έλεγχος πραγματοποιείται σε χρονικό διάστημα όπου πρέπει να συμπίπτει: 

  1. με την καλλιεργητική περίοδο σε επιχειρήσεις φυτικής παραγωγής. 
  1. με την περίοδο εκτροφής σε επιχειρήσεις ζωικής παραγωγής. 
  1. με την παρασκευαστική περίοδο σε επιχειρήσεις παρασκευής. 

Ο αιφνιδιαστικός έλεγχος μπορεί να πραγματοποιηθεί ανά πάσα στιγμή ανάλογα με τις απαιτήσεις ελέγχου και επιτήρησης της κάθε επιχείρησης. Λόγοι για την πραγματοποίηση του αιφνιδιαστικού ελέγχου μπορούν να αποτελέσουν και τα παράπονα ή οι καταγγελίες τρίτων. Ο αιφνιδιαστικός έλεγχος περιλαμβάνει τα ακόλουθα, αλλά όχι απαραίτητα όλα: 

  1. δειγματοληπτικό έλεγχο των παραγωγικών συντελεστών, 
  1. έλεγχο της λογιστικής τεκμηρίωσης, 
  1. τον έλεγχο της σήμανσης των προϊόντων και την ορθή χρήση των πιστοποιητικών και των σημάτων,  
  1. το αντικείμενο του παραπόνου ή της καταγγελίας.  

Πρώτος Ετήσιος Έλεγχος  

Το τμήμα βιολογικών προϊόντων θα καθορίσει την περίοδο πραγματοποίησης του ετήσιου ελέγχου, ο οποίος πρέπει να πραγματοποιηθεί εντός της τρέχουσας καλλιεργητικής περιόδου (για τη φυτική παραγωγή), εντός της τρέχουσας εκτροφικής περιόδου (για τη ζωική παραγωγή), εντός της τρέχουσας παρασκευαστικής περιόδου (για τη μεταποίηση/τυποποίηση) ή σε άλλες δραστηριότητες σε περίοδο όπου είναι ενεργή η προς έλεγχο δραστηριότητα.  

Ο πρώτος ετήσιος έλεγχος, θα πρέπει να πραγματοποιηθεί το αργότερο εντός 12 μηνών από την ημερομηνία σύμβασης με την επιχείρηση.  

Σε ιδιαίτερες περιπτώσεις όπου η επιχείρηση δεν έχει καμία δραστηριότητα σχετικά με την αιτούμενη πιστοποίηση, εντός του πρώτου έτους, οφείλει να ενημερώσει πριν τη λήξη του 12 μηνου, τον φορέα για τους λόγους μη πραγματοποίησης της δραστηριότητας. Ο φορέας θα προχωρήσει σε ερώτημα προς την αρμόδια αρχή και αναλόγως των αιτιών θα αιτηθεί παράταση για τον πρώτο έλεγχο. Εάν αυτό δεν είναι δυνατό, τότε θα προχωρήσει στον έλεγχο ακόμη και αν δεν υφίσταται δραστηριότητα.  

Ο έλεγχος πραγματοποιείται είτε από έναν ελεγκτή, είτε από ομάδα ελέγχου (ελεγκτές ή/και τεχνικούς εμπειρογνώμονες) 

Ο ελεγκτής θα επικοινωνήσει με την επιχείρηση τουλάχιστον 2 ημέρες πριν από την προγραμματισμένη ημερομηνία ελέγχου ώστε να διασφαλίσει πως δεν έχει υπάρξει οποιαδήποτε αλλαγή στο χρονοδιάγραμμα. 

Ο έλεγχος λαμβάνει χώρα εξ’ ολοκλήρου  στην έδρα της επιχείρησης με στόχους: 

  1. την επαλήθευση των πληροφοριών που παρείχε η επιχείρηση στο φορέα με την αίτηση της, 
  1. την αυτοψία των παραγωγικών συντελεστών/δραστηριοτήτων, 
  1. τον έλεγχο των χώρων/εγκαταστάσεων και 
  1. τον έλεγχο της λογιστικής τεκμηρίωσης.  

Ο σκοπός της επιτόπιας επίσκεψης είναι ο έλεγχος της συμμόρφωσης ή μη, της υπό έλεγχο δραστηριότητας, σε σχέση με την κοινοτική και εθνική νομοθεσία. 

Ο επικεφαλής ελεγκτής ή/και οι ελεγκτές έχουν τη δυνατότητα να λάβουν δείγμα για χημική ανάλυση αυτοβούλως ή κατ’ εντολή του Οργανισμού πιστοποίησης, για την ανίχνευση πιθανής μόλυνσης από απαγορευμένα προϊόντα. Σε περίπτωση που υπάρχουν υποψίες για χρησιμοποίηση απαγορευμένων προϊόντων τότε η δειγματοληψία είναι υποχρεωτική.  

Ο έλεγχος θα πραγματοποιηθεί με βάση το Ερωτηματολόγιο Ελέγχου αναφορικά με τη δραστηριότητα. 

Μη συμμορφώσεις 

Τα ευρήματα μη συμμορφώσεων κατά τον έλεγχο διακρίνονται σε τρεις κατηγορίες ανάλογα με τη βαρύτητά τους: 

Ήσσονος σημασίας: η περίπτωση μη συμμόρφωσης είναι ήσσονος σημασίας όταν: α) τα μέτρα προφύλαξης είναι αναλογικά και κατάλληλα και οι έλεγχοι που εφαρμόζει η επιχείρηση είναι αποδοτικοί, β) η μη συμμόρφωση δεν θίγει την ακεραιότητα του βιολογικού ή του υπό μετατροπή προϊόντος, γ) το σύστημα ιχνηλασιμότητας μπορεί να εντοπίσει το/τα επηρεαζόμενο/-α προϊόν/-τα στην αλυσίδα εφοδιασμού και είναι δυνατή η απαγόρευση διάθεσης των προϊόντων στην αγορά με μνεία βιολογικής παραγωγής. 
Μείζονος σημασίας: η περίπτωση μη συμμόρφωσης είναι μείζονος σημασίας όταν: α) τα μέτρα προφύλαξης δεν είναι αναλογικά και κατάλληλα και οι έλεγχοι που εφαρμόζει η επιχείρηση δεν είναι αποδοτικοί, β) η μη συμμόρφωση θίγει την ακεραιότητα του βιολογικού ή του υπό μετατροπή προϊόντος, γ) η επιχείρηση δεν διόρθωσε εγκαίρως μη συμμόρφωση ήσσονος σημασίας, δ) το σύστημα ιχνηλασιμότητας μπορεί να εντοπίσει το/τα επηρεαζόμενο/-α προϊόν/-τα στην αλυσίδα εφοδιασμού και είναι δυνατή η απαγόρευση διάθεσης των προϊόντων στην αγορά με μνεία βιολογικής παραγωγής. 
Κρίσιμη: η περίπτωση μη συμμόρφωσης είναι κρίσιμη όταν: α) τα μέτρα προφύλαξης δεν είναι αναλογικά και κατάλληλα και οι έλεγχοι που εφαρμόζει η επιχείρηση δεν είναι αποδοτικοί, β) η μη συμμόρφωση θίγει την ακεραιότητα του βιολογικού ή του υπό μετατροπή προϊόντος, γ) η επιχείρηση δεν διόρθωσε προηγούμενες μείζονος σημασίας περιπτώσεις μη συμμόρφωσης ή αμελεί κατ’ επανάληψη να διορθώσει περιπτώσεις μη συμμόρφωσης άλλων κατηγοριών, δ) το σύστημα ιχνηλασιμότητας δεν παρέχει πληροφορίες για τον εντοπισμό του/των επηρεαζόμενου/-ων προϊόντος/-ων στην αλυσίδα εφοδιασμού και δεν είναι δυνατή η απαγόρευση διάθεσης των προϊόντων στην αγορά με μνεία βιολογικής παραγωγής. 
Υποτροπή: η επανάληψη της ίδιας μη συμμόρφωσης εντός δύο (2) ετών από τη χρονική στιγμή που αυτή διαπιστώθηκε και καταγράφηκε σε σχετική έκθεση ελέγχου. 

Ένα αντίγραφο της Αναφοράς Ελέγχου και των Αναφορών μη συμμόρφωσης παραδίδεται στον ελεγχόμενο (ή αποστέλλεται το συντομότερο δυνατό από την Q-CERT).  

Τα έντυπα του ελέγχου ανήκουν στην Q-CERT χαρακτηρίζονται ως απόρρητα και πρόσβαση σε αυτά έχουν μόνο ο Ελεγχόμενος, ο ΕΛΓΟ-ΔΗΜΗΤΡΑ και το Ε.ΣΥ.Δ. 

Αξιολόγηση στοιχείων ελέγχου 

Η αξιολόγηση των προϊόντων των επιχειρήσεων γίνεται με βάση τις απαιτήσεις που περιγράφονται στην Κοινοτική και Εθνική νομοθεσία περί της παραγωγής και επισήμανσης βιολογικών προϊόντων. 

4.25 Όταν τα στοιχεία από τον έλεγχο φθάσουν στην Q-CERT ανασκοπούνται από αξιολογητές.  Με τα στοιχεία αυτά και εφόσον δεν υπάρχουν μη συμμορφώσεις η επιχείρηση εντάσσεται στο Μητρώο Εγγεγραμμένων Επιχειρήσεων. Παράλληλα επιβεβαιώνεται (όταν δεν υπάρχει απαίτηση για μείωση ή λόγος για αύξηση του σταδίου μετατροπής) η ημερομηνία έναρξης και η διάρκεια της περιόδου μετατροπής των παραγωγικών συντελεστών της επιχείρησης εφόσον πρόκειται για επιχείρηση παραγωγής φυτικών ή ζωικών προϊόντων (πρωτογενής παραγωγή), όπως αυτά προκύπτουν με βάση τη νομοθεσία.  

Εάν η επιχείρηση είναι παρασκευαστική (μεταποίηση/τυποποίηση, παραγωγή ζωοτροφών, εισαγωγή από τρίτες χώρες, εξαγωγή προς τρίτες χώρες) τότε λαμβάνεται απόφαση για χορήγηση ή μη πιστοποιητικού προϊόντος ενώ παράλληλα τα πιστοποιημένα προϊόντα της καταχωρούνται στο Μητρώο Ενταγμένων Επιχειρήσεων στην αντίστοιχη στήλη. 

Η Απόφαση Συμμόρφωσης ή Μη Συμμόρφωσης οδηγεί σε Χορήγηση Πιστοποίησης ή Μη Χορήγηση Πιστοποίησης και κατ’ επέκταση στην έκδοση Πιστοποιητικού Εγγράφου ή Επιβολή Κύρωσης. 

Διάρκεια Πιστοποιητικών  

Τα πιστοποιητικά εκδίδονται σύμφωνα με το υπόδειγμα που περιέχεται στο παράρτημα VI του Κανονισμού (ΕΕ) 2018/848.  

Τα πιστοποιητικά εκδίδονται σε ηλεκτρονική μορφή μέσω TRACES, σύμφωνα με την κοινοτική νομοθεσία όπως αυτή τροποποιείται και ισχύει.  

Η διάρκεια ισχύος των πιστοποιητικών δεν μπορεί να υπερβαίνει τους 12 μήνες από την ημερομηνία έκδοσής τους. 

Έλεγχοι επιτήρησης 

Ο Φορέας ελέγχου καταγράφει έναν γενικό προγραμματισμό για την επιτήρηση της επιχείρησης βασιζόμενος στις Οδηγίες Διαχείρισης Κινδύνου αλλά και σε άλλες πληροφορίες που κρίνονται χρήσιμες για τον σχεδιασμό της επιτήρησης. 

Ο έλεγχος για την επιτήρηση πιστοποίησης έχει ως στόχους: 

  1. την αυτοψία των παραγωγικών συντελεστών, 
  1. τον έλεγχο των χώρων/εγκαταστάσεων, 
  1. τον έλεγχο της λογιστικής τεκμηρίωσης. 
  1. τον έλεγχο της σήμανσης των προϊόντων και την ορθή χρήση των πιστοποιητικών και των σημάτων.  

Ο έλεγχος αυτός νοείται ως πλήρης ετήσιος έλεγχος και καλύπτει όλα τα σημεία ελέγχου που απαιτεί η σχετική νομοθεσία. 

Ο σκοπός του ελέγχου επιτήρησης είναι η διασφάλιση της συνεχούς εφαρμογής και τήρησης των απαιτήσεων πιστοποίησης και ο προσδιορισμός πιθανών ελλείψεων και μη συμμορφώσεων σε σχέση με την κοινοτική και εθνική νομοθεσία.  

Εφόσον, σε μία επιχείρηση πληρούνται οι παρακάτω όροι: α) από τους προηγούμενους ελέγχους της ενδιαφερόμενης επιχείρησης δεν εντοπίστηκαν περιπτώσεις μη συμμόρφωσης που να θίγουν την ακεραιότητα βιολογικών ή υπό μετατροπή προϊόντων κατά τη διάρκεια τουλάχιστον τριών συναπτών ετών και β) η ενδιαφερόμενη επιχείρηση έχει αξιολογηθεί, βάσει των στοιχείων της παραγράφου 2 του άρθρου 38 του Καν. (ΕΕ) 2018/848 και του άρθρου 9 του Καν. (ΕΕ) 2017/625 ότι παρουσιάζει μικρό κίνδυνο μη συμμόρφωσης, τότε σε αυτήν την περίπτωση, το χρονικό διάστημα μεταξύ δύο φυσικών επιτόπιων επιθεωρήσεων είναι δυνατόν να είναι μεγαλύτερο των 12 μηνών χωρίς όμως να υπερβαίνει τους 24 μήνες. 

Στις περιπτώσεις όπου μια ενδιαφερόμενη επιχείρηση αναθέτει οποιανδήποτε από τις δραστηριότητές της σε τρίτους, και η επιχείρηση δηλώσει στην αναφερόμενη στην παράγραφο 1, του άρθρου 34, του Καν. (ΕΕ) 2018/848 κοινοποίηση της ότι παραμένει υπεύθυνη όσον αφορά τη βιολογική παραγωγή και δεν μεταβιβάζει την εν λόγω ευθύνη στον υπεργολάβο/ους, τότε στην περίπτωση αυτή ο φορέας ελέγχου εξακριβώνει ότι οι υπεργολαβικές δραστηριότητες συμμορφώνονται προς τον Κανονισμό, στο πλαίσιο του ελέγχου που διεξάγει στην επιχείρηση που έχει αναθέσει τις δραστηριότητές της σε υπεργολάβο/ους. 

Σε περίπτωση όπου η μονάδα διαχειρίζεται και προϊόντα μη σύμφωνα με τον Κανονισμό (ΕΕ) 2018/848, τότε ο έλεγχος μπορεί να περιλαμβάνει και τον έλεγχο των τμημάτων αυτών κατά παραγγελία από τον Φορέα ελέγχου ή με πρωτοβουλία του ελεγκτή. 

Επαναπιστοποίηση / Επέκταση πεδίου 

Ο φορέας εκδίδει νέα πιστοποιητικά για κάθε επιχείρηση με βάση την αξιολόγηση των στοιχείων που συγκεντρώνουν οι ελεγκτές κατά την πραγματοποίηση των ετήσιων επισκέψεων ελέγχου της διαδικασίας επιτήρησης. 

Σε περίπτωση όπου μια επιχείρηση εντάξει νέους παραγωγικούς συντελεστές, τότε εξετάζεται η αναγκαιότητα αξιολόγησης των νέων συντελεστών με βάση τα στοιχεία που προσκομίζει η επιχείρηση για αυτούς και κρίνεται εάν είναι δυνατό να εκδοθεί πιστοποιητικό για τα νέα προϊόντα χωρίς την πραγματοποίηση νέου επιτόπιου ελέγχου. Ενδέχεται, η Q-CERT να ζητήσει επιπλέον πληροφορίες ώστε να αξιολογηθεί η συμμόρφωση της επιχείρησης για την παραγωγή νέων προϊόντων. Εφόσον κριθεί απαραίτητη  η αξιολόγηση της συμμόρφωσης για την παραγωγή προϊόντων από τους νέους παραγωγικούς συντελεστές με επιτόπιο έλεγχο, αυτός δύναται να πραγματοποιηθεί κατά τη διάρκεια της ετήσιας επίσκεψης ελέγχου. Σε περίπτωση όπου ο έλεγχος επιτήρησης έχει ήδη πραγματοποιηθεί  τότε μπορεί να ορισθεί νέος έλεγχος, ο οποίος θα έχει ως πεδίο ελέγχου μόνο τους νέους παραγωγικούς συντελεστές. 

Όταν η επιχείρηση δηλώσει αλλαγές που μπορούν να επηρεάζουν τη συμμόρφωση των προϊόντων της με τις απαιτήσεις της πιστοποίησης, τότε ο Φορέας Ελέγχου αποφασίζει κατά πόσο οι αλλαγές αυτές απαιτούν περαιτέρω διερεύνηση αλλά και για τον τρόπο αξιολόγησης των νέων δεδομένων (έλεγχος της συμμόρφωσης με νέο επιτόπιο έλεγχο, ετήσια επίσκεψη ή αιφνιδιαστικό έλεγχο, αποστολή αποδεικτικών στοιχείων κλπ) κατά περίπτωση. Για την απόφαση αυτή μπορεί να συμβουλευθεί εμπειρογνώμονα του αντίστοιχου πεδίου.